靈兒出生於南紹，六嵗以前居於南紹王宮，隨母親修習女媧族的五靈法術。六嵗那年，南紹大祭司、拜月教楊教主召喚太古魔獸——水魔獸，引來洪水，嫁禍失去五靈珠的青兒、誣陷其為禍國殃民的蛇妖女，逼巫王處死她。青兒終為封印水魔獸而化爲石像。同時，青兒的好友姜氏（即姥姥）帶著靈兒逃離南紹，來到餘杭， 初遇九嵗的李逍遙，並投入青兒生前好友、仙靈島水月宮靈月宮主門下，修習水月宮各種仙術及劍法。 從此，餘杭盛傳仙靈島上有一青衣仙女。

　　十年後，靈月宮主去世。一日，餘杭盛漁村的孩童王小虎為救病入膏肓的老父，據當地傳説尋至仙靈島，向靈兒求得一顆仙丹。不久後，受王小虎和黑苗頭領啓發覓至仙靈島的李逍遙無意中在靈池邊撞見正在沐浴的靈兒，驚為天人。為求仙丹救嬸嬸，逍遙趁機偷走靈兒的衣裳加以要挾，不料反被靈兒以雷咒懲治一番。逍遙忙以三寸不爛之舌哄得靈兒心軟，靈兒感懷身世、憐其孝心，私下將水月宮的紫金丹贈予李逍遙。逍遙逗得長年孤寂的靈兒心花怒放，靈兒芳心暗許，二人約定來日一起去城裡逛廟會。逍遙正欲離開，卻被姥姥撞了個正著。靈兒為救逍遙，不惜賠上自己的名節。姥姥無奈，迫逍遙娶靈兒為妻、永世留在仙靈島。

　　新婚之夜，逍遙擔憂嬸嬸病情，求靈兒幫他逃走。靈兒傷心慾絕之餘，仍告知逍遙逃離的方法，逍遙連忙道謝。靈兒感傷二人緣分轉瞬即逝、似水無痕，逍遙為靈兒眞情所動，許諾治好嬸嬸的病即正式上門提親。靈兒破涕爲笑，二人度過纏綿一夜……

　　次日清晨，靈兒與逍遙依依惜別，逍遙承諾會盡快回來，戀戀不捨的離開了。一回到李家客棧，逍遙之前受黑苗首領哄騙所服的忘憂散便即發作，失去關於靈兒及仙靈島的所有記憶。當晚，潛伏在餘杭的黑苗人見已利用逍遙破去仙靈島上防禦陣法，衝上仙靈島，血洗水月宮，靈兒被擒，姥姥重傷垂危。

　　第二天，剛學得蜀山御劍術的逍遙回到客棧，見黑苗人行動可疑，通過秘道潛囘房中，恰好救醒了昏迷的靈兒。二人重逢，逍遙卻已不識靈兒，只餘隱隱約約的感覺，靈兒卻不知内情。二人打敗兩名黑苗嘍囉，趕回仙靈島，得見姥姥最後一面。姥姥臨終前將靈兒托付予逍遙，囑逍遙帶靈兒回苗疆尋母。二人安葬水月宮衆人，靈兒隨逍遙回餘杭。

　　客棧門口，二人見到小虎子和同村姑娘丁秀蘭，得知黑苗頭領正在客棧内等他們。二人同黑苗頭領一番爭執，逍遙始知靈兒南紹公主的身份。黑苗頭領戰敗，欲挾持恰好買菜回來的李大娘，反被李大娘的穿雲掌打死。夜裡，靈兒從惡夢中驚醒，在房外哭泣，逍遙尋聲而至。靈兒欲與逍遙同寢，卻遭失憶的逍遙婉拒，傷心不已。大娘見狀將靈兒帶至房中，細問經由，方知二人婚事，大娘對靈兒極是喜愛，開心不已。次日，大娘決定讓逍遙帶靈兒回苗疆、並向靈兒的母親秉明婚事。二人告別餘杭鄉親，乘船前往蘇州。

　　二人初至蘇州，在城外撞見一富家千金林月如鞭打下人，路見不平，出手阻止。逍遙放走私逃的兩名下人，將林月如縛在路旁樹上，以做懲戒。進城前，在靈兒的苦勸下，逍遙終於回轉放人，卻見兩名路過的強盜正欲趁人之危。二人擊敗強盜，放下林月如，誰知林月如羞憤難當，當場一劍刺中逍遙心脈。逍遙傷重危急，林月如見狀忙棄劍離去。情急之下，靈兒冒生命危險以未練成的還魂咒救活逍遙，逍遙大受感動，承諾今後再不會讓靈兒一個人孤苦伶仃。

　　二人在城内客棧賭坊救下富家公子劉晉元，逍遙與其結爲兄弟，三人在客棧中相伴而飲。其間靈兒不勝酒力，先行睡去。次晨，逍遙送走劉晉元，帶靈兒逛蘇州城。剛出客棧大門，二人便遇一算命仙。算命仙指逍遙會走桃花運，贊靈兒“瑤光聚頂，靈氣逼人。在朝必為帝后，在野亦爲人傑”，但近日恐有劫難。逍遙大怒，拒不付錢，拉著靈兒走開。逛至一雜貨攤前，逍遙見一支銀釵和靈兒很是相配，執意買下送給靈兒，靈兒嬌羞不已。二人途經林家堡，見一衆人瞧熱鬧，得知林家大小姐正在比武招親，也湊了上去。剛巧在人群中遇到劉晉元，知林家小姐是他表妹。林小姐無意中認出逍遙，逍遙也認出她是昨日的刁蠻千金。爲了化解誤會，逍遙答應上臺比試，再次將林月如打敗，結果竟誤打誤撞成了林家的乘龍快婿。林月如之父、南武林盟主林天南對逍遙大爲贊許，逍遙一心只想帶靈兒回苗疆，不願入贅林家，故將嬸嬸搬出來做擋箭牌以拖延時日。靈兒見逍遙未將自己當作妻子，又不堅決拒絕林家婚事，唯有黯然神傷。

　　逍遙剛踏入東廂房，轉身便往西廂房找靈兒。靈兒臉色蒼白、滿懷心事、慾言又止，逍遙大爲關切，囑她早點休息，明日再帶她逛蘇州城。逍遙找到林月如欲説清比武招親之事，無奈林月如已認定這門親事。正當林天南請相士為李、林二人合八字時，靈兒因日間受了刺激、現下又自慚非人類之身份、且有了身孕，現出人首蛇身之原形，被林家丫環冬梅瞧見、誤以爲蛇妖，林家堡頓時亂作一團。逍遙憂心靈兒，不顧一切闖入房中，林月如尾隨其後。逍遙不知眼前的半人蛇便是靈兒，舉劍相向。靈兒凝望二人半晌，撞破牆壁逃開，奔至白河村外的樹林，不支昏倒。

　　同時，林家人說靈兒是蛇妖，逍遙大怒，以爲靈兒被蛇妖抓去，獨自追出。林月如不顧林天南反對，追隨而去。二人追至隱龍窟，洞中的蛇妖男和狐妖女矢口否認抓過靈兒，逍遙失去理智，不分青紅皂白，和月如聯手殺死二妖，順便救出被困於洞中的一眾女子。

　　次晨，白河村韓醫仙之女韓夢慈外出採藥，發現昏迷在路邊的靈兒，將她帶回醫館。韓醫仙發現靈兒懷了身孕，靈兒醒後，對韓醫仙大致訴説了自己的遭遇。不久，逍遙和月如來到醫館，欲請身為村長的韓醫仙放行、以便繼續找尋靈兒，卻發現假裝昏迷在床、不願見他們的靈兒。韓醫仙依靈兒之意瞞住懷孕一事，托逍遙收集藥材給靈兒“補身子”（其實是安胎）。待二人離開屋子，韓醫仙勸靈兒告訴逍遙真相，靈兒心意難決。

　　逍遙和月如收集藥材歸來，將煎好的六神湯喂靈兒服下，靈兒不得不起身見二人。恰逢附近閙僵屍，處處是受傷村民，靈兒欲留下以仙術幫忙救治病人、藉以離開逍遙，逍遙不允，認爲應除掉元兇。三人受韓醫仙父女指示，前往對岸的玉佛寺求方丈智修大師下山收服屍妖，卻發現智修迫人出家的秘密。三人擊敗智修，方知一切都是玉佛珠化身的小和尚智澤變出來的。智澤經靈兒點化，方悟到過去所為的荒唐，願此後以原形追隨靈兒。靈兒為其取名小石頭，並配戴上玉佛珠，三人動身往黑水鎮將軍冢除滅元兇赤鬼王。

　　玉佛珠驅散了墓穴口的陰氣，三人深入將軍冢底層，打敗僵屍王，繼而落入血池。血池盡頭，元兇赤鬼王亦被消滅，三人意外得到失落多年的土靈珠，靈兒大驚，心知已到了自己肩負女媧族使命的時刻了。

　　三人回白河村報喜，卻得知韓夢慈被黑苗人抓走，藉以要挾靈兒往鬼陰山赴會。鬼陰壇内，南紹忠臣石長老出現，溫言勸靈兒隨他回南紹見巫王最後一面、並繼承南紹王位，但靈兒心傷水月宮遭滅門之事，母親又生死未卜，執意不肯。石長老無奈動武，三人不敵，先後被打暈。不一會兒，靈兒蘇醒，見逍遙和月如已被囚於籠中、昏迷不醒。為保二人性命，靈兒唯有隨石長老回南紹。

　　逍遙被趕來的韓醫仙救醒，得知靈兒此舉，發誓定要將她找回，隨即與月如動身繼續追尋。

　　石長老和靈兒一行途徑長安郊外山腳的一間追至此處，被大理將軍蓋羅嬌設計迷暈，欲誘靈兒隨其去大理、以挾持巫王。雙方為爭奪靈兒大肆拼殺，南紹士兵不敵，只剩石長老苦戰。最終，石長老使出赤血毒焰引爆自身，重傷白苗衆人。蜀山仙劍派掌門獨孤劍聖路過此處，見滿地鮮血屍體，誤將靈兒當作行兇的妖孽，飛劍傷靈兒，將她抓回蜀山，投入五百年來專門禁錮窮兇極惡之妖魔的鎖妖塔。負責護塔的鎮獄明王發現靈兒體内潛藏的無窮力量，大爲吃驚，又見她不畏化妖池水，於是將靈兒以巨鏈捆鎖於塔底最大的劍柱之上。體弱兒不堪折磨，失去人形，但仍凝聚全身真氣護住腹中胎兒。當她近乎絕望之際，一路尋至蜀山派的逍遙得知靈兒被囚塔中，不顧衆人的反對和勸阻，執意犯險入塔救靈兒。月如見其意不可回，唯有追隨。

　　鎖妖塔底，逍遙終於再見到靈兒，但印入眼帘的竟是人首蛇身的“蛇妖女”，無法接受這個事實。大受打擊之際，忘憂散失效，逍遙立刻記起和靈兒在仙靈島上共締鴛盟的點點滴滴，痛悔自己傷靈兒太深，再不介意人“妖”之別，縱身斬斷鎖鏈，救下靈兒，月如也與靈兒盡釋前嫌、願為姐妹。面對鎮獄明王的逼迫和污蔑，靈兒說出女媧後裔真正身份，體内潛藏的力量覺醒，三人聯手擊敗鎮獄明王。眾妖見狀，皆以靈兒馬首是瞻，共商出塔之法。在靈兒的調解之下，三人得書中仙指示，打斷化妖池底支撐鎖妖塔的七根七星槃龍柱，鎖妖塔崩，眾妖得以脫身。然其間月如卻被崩落的巨石砸死……

　　塔崩之際，劍聖回心轉意，危急中救出三人，送往苗疆靈山聖姑處治傷。靈兒身受重創，難以復原，昏迷不醒；逍遙也受了重傷。三日過去，逍遙蘇醒，得知靈兒懷孕之事和月如之死訊，心傷之後，立刻動身為靈兒找尋仙藥金翅鳳凰蛋殼和火眼麒麟角，其間結識白苗組長南蠻王之女阿奴。逍遙和阿奴得麒麟老人指示，前往大理女媧神廟，逍遙被青兒的幽魂招入神像，向青兒表白了對靈兒的眞情。青兒欣慰，施展廻魂仙夢將逍遙送回十年前，助小靈兒脫險，幫青兒脫困，見證了當年靈兒所不知的一系列變故，並尋回早年被父母李三思夫婦偷去的水靈珠。回到現實，已是一個月之後。逍遙心憂靈兒，忙和阿奴趕回聖姑家中。

　　幾個月後，靈兒生下一女嬰，逍遙欣喜不已。靈兒為紀念月如，給女兒取名“李憶如”。逍遙為答謝聖姑挽救靈兒母女的性命，答應替聖姑去試煉之窟收集三十六隻傀儡蟲。經過幾日修養，靈兒拜別聖姑，擕逍遙、阿奴欲往女媧神殿祭拜母親亡靈、同時化解南紹、大理長年的戰爭。來到大理城外，兩軍已激戰多時，大理呈敗勢，南蠻王、蓋羅嬌等人和婦女兒童都已退入神廟。三人一路殺入神廟，靈兒終於在神像前見到青兒亡魂。青兒祝福靈兒與逍遙，並囑靈兒定要化解兩族仇恨，隨即含笑而逝，留下女媧族聖物天蛇杖、聖靈披風和聖靈珠。靈兒接過母親遺物，踏上神廟祭壇，以五靈珠祭天祈雨。頃刻之間，天降甘霖，大地回春，兩族不必再爭奪水源，戰爭頓化流水。

　　南蠻王感激萬分，邀靈兒留下繼承青兒的祭司之位，靈兒答應考慮。然拜月教主仍不死心，派地魔獸攪亂大理慶功宴。靈兒、逍遙、阿奴剷除地魔獸，乘勝追擊，跳入無底深淵，一路殺敵無數，最後竟來到南紹王宮地下宮殿。王宮大殿，靈兒與分散十年的父親巫王重逢。巫王懺悔過往對青兒和靈兒的所作所爲，自知時日無多，望靈兒答應繼承王位、挽救南紹。拜月教主突然率侍衛出現，反對靈兒繼位，雙方爭執間，巫王突然舉刀刺穿靈兒後心，靈兒失血過多，當場昏迷，逍遙又驚又痛、不知所措。二人消滅假扮巫王的樹妖，阿奴立即施贖魂咒急救靈兒，但靈兒始終沒有心跳。逍遙怒不可遏，衝出大殿欲殺拜月教主為靈兒報仇，阿奴也隨即趕到。拜月教主向二人訴説自己的野心，欲用二人的鮮血令水魔獸復活。危急時刻靈兒突然無恙出現，三人合力打敗拜月教主。拜月教主不甘失敗，跳下殿内水塘，以肉身啖魔，水魔獸終於復活，穿破王宮。

　　天地間頓時掀起滔天巨浪，南紹頃刻被洪水吞噬。逍遙從水魔獸手中救下阿奴，卻對水魔獸無可奈何，唯有潛入水中再度搭救被洪水衝走的阿奴。與此同時，靈兒飛上半空，攔住水魔獸去路，凝聚全身功力，毅然向水魔獸衝去……霎時間，一團白光照亮天地，靈兒與水魔獸同歸於盡。天空放晴，逍遙孤單的背影，呆望著天蛇杖自空中緩緩落下……

　　逍遙告別阿奴，抱著憶如回到餘杭。為令憶如擺脫女媧族宿命，李家悄然離開餘杭，定居仙靈島。逍遙帶著天蛇杖上了蜀山，欲潛心練功。無奈逍遙思念靈兒之心日漸濃厚，每見天蛇杖便睹物思人，功力不進反退，唯有與師傅酒劍仙將天蛇杖藏於百邪不侵的玲瓏福地，並派通臂火猴看守。

　　不久，逍遙接任蜀山仙劍派掌門之位，然八年來日夕思念靈兒，愁眉深鎖，更在蜀山後山石壁上刻下“飛龍失伴雲中探，恨遺天際隕靈珠”之句。一日，魔族掌旗使孔璘派幻魅畫妖化作靈兒的樣子，引誘逍遙。逍遙苦受八年相思之苦，乍見“愛妻”，情難自已，神思恍惚，被孔璘收入幻魅畫軸。在畫軸中，畫妖看穿逍遙心思，繼續假扮靈兒，並變幻出仙靈島，令逍遙樂不思蜀，甘心在“島上”與“靈兒”廝守終生，再無所求。直至王小虎等人來救，方始明白真相，但仍對畫妖無恨無怨。後憶如與王小虎、沈欺霜決戰大魔頭千葉，力量懸殊，險遭毒手，空中突然傳來靈兒的聲音。靈兒重創千葉，令其現出原形、力量驟減，並為憶如等人療傷，終令他們戰勝千葉。雖不知那聲音究竟意味著什麽，是靈兒在天之靈？抑或靈兒仍在世？但無論如何，這證明靈兒其實並沒有離開，她仍某種形式存在著，默默守護著她所愛的人、祝福他們能夠擁有自己所無法擁有的幸福……